Спасибо за предложение, мы сами думали над этим, но пока не хватает времени на эксперименты c DirectComputing. Потом, текущая реализация не совсем оптимальна, лучше оптимизировать сам алгоритм сравнения, пока без GPU, но эта оптимизация затронет только сравнение файлов, декодирования файлов мы оптимизировать не сможем т.к. их реализует сторонний код и библиотеки.
